Jednatel přitom bude zpravidla osoba fyzická, ovšem není vyloučeno, aby jednatelem společnosti s ručením omezeným mohla být jmenována i osoba právnická. V takovém případě ovšem vzniká předmětné právnické osobě povinnost určit fyzickou osobu, která bude jejím jménem vykonávat funkci jednatele a jež se zapisuje do obchodního rejstříku. Jak již je zažitou notorietou, opakovaně potvrzenou rozhodnutími Nejvyššího soudu České republiky (viz kupř. rozhodnutí pod spisovou značkou 6 Cdo 108/92), činnost jednatele nevykonává tato osoba v pracovním poměru. To ovšem  nevylučuje, aby stejná osoba vykonávala v pracovním poměru pro tutéž společnost jinou činnost než tu, která tvoří náplň činnosti statutárního orgánu společnosti.

Zánik funkce jednatele společnosti s ručením omezeným může nastat na základě řady právních skutečností. Mezi nejčastěji frekventované patří bezesporu odstoupení z této funkce či odvolání jednatele. Obchodní zákoník však umožňuje i jiné způsoby jejího zániku, přičemž v podrobnostech obsahuje tato právní úpravu ve vztahu k jednatelům společnosti s ručením omezeným odkaz na obdobné užití ustanoveních obchodního zákoníku upravujících zánik funkce členům představenstva akciové společnosti.

Jak již bylo uvedeno v předchozím odstavci, mezi nejčastější způsoby zániku funkce jednatele společnosti s ručením omezeným bývá uváděno jejich odvolání z funkce. K tomu je dle § 125 odst. 1 písm. f) obchodního zákoníku oprávněna valná hromada společnosti, která zároveň i jednatele (vyjma prvního jednatele či jednatelů společnosti s ručením omezeným, kteří jsou do funkce ustanoveni společenskou smlouvou, popř. zakladatelskou listinou společnosti) jmenuje. Tato její působnost není převoditelná na žádný jiný orgán společnosti s ručením omezeným. Valná hromada nemusí své rozhodnutí o odvolání jednatele jakkoliv odůvodňovat.

Každý jednatel společnosti s ručením omezeným musí být odvolatelný a případné odchylné ustanovení ve společenské smlouvě či smlouvě o výkonu funkce jednatele je z toho důvodu neplatné pro rozpor se zákonem. 

Jde-li o usnášeníschopnost takové valné hromady společnosti s ručením omezeným, pokud společenská smlouva neobsahuje jinou úpravu, je valná  hromada schopná usnášení, jsou-li přítomni společníci, kteří mají alespoň polovinu všech hlasů. Valná hromada v takovém případě rozhoduje prostou většinou hlasů přítomných společníků, nevyžaduje-li společenská smlouva vyšší počet hlasů.

Jak vyplývá z odborné literatury (viz kupř. publikace autorů Ivana Rady a kol., Jednatelé s.r.o., Představenstvo a.s., 2. doplněné a aktualizované vydání,  Linde nakladatelství s.r.o., 2004), převažuje ten názor, že právo valné hromady k odvolání jednatele společnosti s ručením omezeným není možné vázat na splnění jakýchkoliv věcných podmínek, tj. kupř. na podmínce, že jednatele je možno odvolat pouze tehdy, dosáhne-li společnost dle řádné účetní závěrky za příslušný kalendářní rok ztráty. Valná hromada totiž s ohledem na kogentní ustanovení § 125 odst. 1 písm. f) disponuje s tímto oprávněním neustále a jakékoliv jeho omezení obsažené kupř. ve společenské smlouvě by i tentokráte bylo neplatné pro rozpor se zákonem. 

Obdobná shoda však již nepanuje v otázce účinnosti odvolání. S poukazem na přiměřené užití ustanovení § 574 odst. 2 obchodního zákoníku upravující tutéž otázku ve vztahu k vypovězení mandátní smlouvy ze strany mandanta je pak zpravidla uzavíráno, že odvolání jednatele společnosti s ručením omezeným se stává účinným okamžikem, kdy se o něm jednatel dozví nebo mohl dozvědět.

Další ze zákonem aprobovaných možností zániku funkce jednatele společnosti je jeho odstoupení z funkce. Tato možnost je přitom obecně upravena  v ustanovení § 66 odst. 1 obchodního zákoníku. Dle jeho úplného znění  může osoba, která  je  statutárním  orgánem nebo  jeho členem anebo  členem  jiného  orgánu  společnosti,  ze  své  funkce odstoupit.  Je však povinna oznámit to orgánu, jehož je členem, nebo orgánu, který ji zvolil nebo jmenoval. U společnosti s ručením omezeným je orgánem, který odstupujícího jednatele do funkce jmenoval, valná hromada společnosti. U společností o jediném společníku je pak tímto orgánem namísto valné hromady jediný společník.

Výkon funkce končí v takovém okamžiku dnem, kdy odstoupení projednala nebo měla projednat valná hromada společnosti, která jednatele jmenovala, nestanoví-li  společenská  smlouva  nebo stanovy,  že postačí,  projednal-li je  nebo měl  projednat orgán, jehož  je  členem.

Valná hromada je povinna projednat odstoupení na svém nejbližším zasedání poté, co se o odstoupení z funkce dověděla. Za tímto účelem tak bude zpravidla svolána mimořádná valná hromada společnosti.

Jestliže ale jednatel odstupující z funkce oznámí své odstoupení až na zasedání valné hromady, končí  výkon funkce  uplynutím  dvou  měsíců po  takovém oznámení, neschválí-li  valná hromada  na  jeho  žádost jiný okamžik zániku funkce (kupř. ke dni konání valné hromady).

Funkce jednatele společnosti s ručením omezeným zaniká u jednatele, jakožto fyzické osoby, samozřejmě i jeho smrtí. Je tomu proto, že výkon této funkce je závazkem osobní povahy a povinnost vykonávat tuto funkci tak nepřechází na dědice. Obdobně tomu je i v případě právnické osoby jako jednatele společnosti s ručením omezeným v případě, že zanikla bez právního nástupce.

Dalším způsobem zániku funkce jednatele společnosti s ručením omezeným je i odpadnutí podmínek pro výkon funkce. Jedná se přitom o podmínky, které jsou uvedeny v § 194 odst. 7 obchodního zákoníku a § 38l obchodního zákoníku. Nejčastěji tato situace nastává, ztratí-li následně jednatel plnou způsobilost k právním úkonům, přestane-li být bezúhonným ve  smyslu  zákona o živnostenském podnikání nebo u něj nastane  skutečnost,   jež  je  překážkou  provozování živnosti  podle  zákona  o  živnostenském  podnikání.

Jednatelem nemůže být ani ten, kdo vykonával funkci statutárního orgánu, jeho člena nebo jiného orgánu právnické osoby, která je podnikatel, na jejíž majetek byl prohlášen konkurs.  Totéž platí, byl-li návrh na prohlášení konkursu podaný proti takovéto právnické osobě zamítnut pro nedostatek majetku. V případě, že daná skutečnost nastane v době výkonu funkce jednatele, valná hromada společnosti, jakmile se o tom dozví, tohoto jednatele odvolá nebo potvrdí jeho jmenování. K  potvrzení  jmenování se vyžaduje  souhlas dvou třetin hlasů společníků přítomných na valné hromadě. Jestliže k potvrzení jmenování nedojde do tří měsíců ode dne, kdy nastala předmětná skutečnost, výkon funkce zaniká posledním dnem této lhůty.

Poslední z možností zániku funkce jednatele společnosti s ručením omezeným, která je nicméně v praxi taktéž poměrně častá, je zánik samotné společnosti.