Způsob řízení toků prostředků ze strukturálních fondů by mělo Ministerstvo financí stanovit vyhláškou, což se však do dnešního dne nestalo. K dispozici je pouze Metodika finančních toků a kontroly strukturálních fondů a fondu soudržnosti přístupná na internetových stránkách Ministerstva financí, která stanoví podrobnější pravidla pro čerpání podpory ze strukturálních fondů.

Obě formy podpory ze strukturálních fondu tedy dotace nebo návratná finanční výpomoc se poskytují na základě žádosti, jejíž součástí je předložení projektu. Na dotace nebo návratnou finanční výpomoc ze strukturálních fondů není právní nárok. Rozhodnutí o poskytnutí dotace nebo návratné finanční výpomoci vydané příslušným orgánem (především řídící orgán daného operačního programu, tj. ministerstvo) obsahuje především označení příjemce, účel, poskytnutí dotace či výpomoci, a podmínky jejího využití. Rozhodnutí se vydává na dobu uskutečňování daného projektu.

Jelikož prostředky čerpané ze strukturálních fondů tvoří součást státního rozpočtu, budou při jejich použití na konkrétní projekty s účastí podnikatelských subjektů organizační složky státu vázány mimo jiné i novým zákonem o veřejných zakázkách, rovněž účinným od 1. května 2004.

Neoprávněné použití prostředků čerpaných ze strukturálních fondů jejich konečným příjemcem a/nebo konečným uživatelem bude přitom považováno za porušení kázně při hospodaření s peněžními prostředky Národního fondu. V takovém případě je v souladu se zákonem o rozpočtových pravidlech konečný příjemce a/nebo konečný uživatel povinen odvést do Národního fondu odvod za porušení rozpočtové kázně ve stejné výši, v jaké byla porušena rozpočtová kázeň. Dále je povinen zaplatit do Národního fondu penále ve výši 1 promile denně z částky, které se týká porušení rozpočtové kázně, za období ode dne, kdy došlo k porušení rozpočtové kázně, do dne, kdy byly prostředky odvedeny.

Pokud smlouva o financování (kterou uzavírá poskytovatel s příjemcem dotace) stanoví další podmínky, jejichž porušení bude postihováno dle zákona o rozpočtových pravidlech, je v případě porušení těchto pravidel konečný příjemce a/nebo konečný uživatel povinen odvést do Národního fondu odvod za porušení rozpočtové kázně až do výše 5 % z celkové částky poskytnutých prostředků. Penále se v tomto případě neukládá.

Odvod za porušení rozpočtové kázně i případné penále uloží příslušný finanční úřad. Povinnost odvodu a penále nelze v případě neoprávněně použitých nebo zadržených prostředků ze strukturálních fondů prominout nebo částečně prominout. Požádá-li následně Evropská komise o vrácení neoprávněně použitých nebo zadržených prostředků poskytnutých z Národního fondu, převedou se tyto prostředky z Národního fondu do rozpočtu EU.

Jak je z výše uvedeného patrné, dostupnost prostředků ze strukturálních fondů EU je podmíněna mnoha pravidly, jejichž nedodržení může v konečném důsledku znamenat buď neposkytnutí konkrétní dotace/finanční výpomoci či povinnost jejího následného vrácení do státního rozpočtu, potažmo rozpočtu EU. Nezbývá než doufat, že se příslušné orgány a jednotlivci, rozhodující o distribuci těchto prostředků, budou uvedených pravidel striktně držet a že případy následného vrácení již poskytnutých prostředků budou zcela výjimečné.