Na základě Zákona tedy je možno založit na území České republiky novou formu právnické osoby - SE. Při zakládání SE je však nutno na rozdíl od ostatních typů obchodních společností upravených v obchodním zákoníku postupovat primárně dle nařízení a teprve v jeho mezích použít příslušných ustanovení Zákona či případně ustanovení obchodního zákoníku. Dle nařízení se totiž na případy, které nejsou upraveny v nařízení či v Zákoně, tedy ve zvláštním právním předpise členského státu, aplikují ustanovení příslušných právních předpisů členského státu upravujících akciovou společnost. Z uvedeného je tedy zřejmé, že ač na první pohled stejná právní entita, mohou být právní struktura a vnitřní poměry SE se sídlem ve Holandsku odlišné od SE se sídlem v České republice.

Níže se zabýváme pouze vybranými právními aspekty SE zakládané na území České republiky, neboť podrobná analýza této právní entity přesahuje rozsah tohoto příspěvku.

Dle Zákona se zakladatelé při založení SE se sídlem na území České republiky mohou rozhodnout, zda-li jimi zakládaná společnost bude mít tzv. monistickou strukturu či strukturu dualistickou. Zvolí-li zakladatelé systém dualistický, bude mít SE obdobně jako společnost akciová své představenstvo a dozorčí radu. Novinkou v českém právním řádu je však systém monistický, který je upraven rámcově v nařízení a jeho podrobnosti jsou upraveny pro českou SE v Zákoně. V případě volby tohoto systému ve stanovách společnosti, pak společnost bude mít jediný exekutivní a dozorčí orgán, a to správní radu, která musí mít nejméně tři členy. Statutárním orgánem pak je jednak předseda správní rady, který je zároveň generálním ředitelem, či samostatně jmenovaný generální ředitel. Jménem společnosti však může jednat ve všech věcech také správní rada jako kolektivní orgán. Vedle funkce exekutivní však správní rada vykonává též funkce, které jsou jinak svěřeny dozorčí radě, tj. funkce kontrolní.

V celku zajímavou skutečností je Zákonem výslovně vyloučená aplikace ustanovení § 196a obchodního zákoníku, stanovící velmi přísná pravidla na transakce mezi propojenými osobami, na SE s monistickou strukturou. V případě SE s monistickou strukturou, tj. se správní radou, totiž Zákon obsahuje zvláštní ustanovení upravující transakce mezi propojenými osobami, která však jsou podstatně mírnější než ustanovení § 196a obchodního zákoníku.

Zákon rovněž upravuje účast zaměstnanců na řízení SE. Jednak se jedná o úpravu procesu vyjednávání o zapojení účasti zaměstnanců při vzniku SE a dále o úpravu samotné účasti zaměstnanců na fungování SE, tj. zapojení prostřednictvím výboru zaměstnanců a možnosti vlivu zaměstnanců na složení orgánů SE. Ustanovení Zákona o zapojení zaměstnanců, která byla do Zákona inkorporována dle směrnice č. 2001/86/ES, se však netýkají pouze již založených společností, ale hrají významnou roli i při procesu zakládání SE. Zaměstnanci na procesu založení SE zúčastněných společností totiž mají za stanovených podmínek právo účastnit se prostřednictvím tzv. vyjednávacího výboru jednání se zástupci zakládajících společností ohledně své budoucí účasti na fungování SE. Lhůta pro jednání vyjednávacího výboru je 6 měsíců a o stejnou dobu může být prodloužena. Bez dosažení dohody vyjednávacího výboru či jiného právními předpisy povoleného ukončení jednání o zapojení zaměstnanců přitom nemůže nová SE platně vzniknout.

Z výše uvedeného plyne, že ačkoliv již právní řády členských států EU, tj. i právní řád České republiky, umožňují založení SE, bude se vzhledem k poměrně značné obecnosti zvolené právní úpravy a nutnosti zapojení více právních řádů právní praxe zřejmě určitou dobu potýkat s četnými výkladovými problémy. Nezbývá tedy než doufat, že se příslušné soudní orgány, tj. v České republice také notáři, kteří dle Zákona budou zodpovědní za kontrolu určitých procesů při založení SE či přemístění jejího sídla, naučí ustanovení citovaných právních předpisů pružně vykládat a aplikovat, a umožní tak uvedení institutu SE v život.