Daňový subjekt by měl již před zahájením daňové kontroly zvážit vhodný prostor pro provádění daňové kontroly. Daňový řád ukládá kontrolovanému daňovému subjektu povinnost zajistit vhodné místo a podmínky k provádění daňové kontroly. Pokud budou pro kontrolní pracovníky finančního úřadu k provedení daňové kontroly zajištěny nevhodné prostory, může se v extrémním případě jednat o porušení povinností vyplývající z daňového řádu.

Posouzení vhodnosti poskytnuté místnosti je na správním uvážení správce daně. Za vhodné lze obecně považovat takové prostory, které jsou využívány daňovým subjektem nebo jeho zaměstnanci k činnosti obdobné, jako je daňová kontrola samotná, tedy k provádění úkonů administrativní povahy. Takové posouzení by mělo také zohledňovat možnosti daného daňového subjektu. Místnost by ovšem měla splňovat alespoň standardní hygienické normy, především co se týče velikosti, hlučnosti a světlosti. Často daňovou kontrolu provádí více pracovníků z finančního úřadu, pokud se jedná například o relativně větší firmu či náročnější daňovou kontrolu. V praxi se můžeme setkat s délkou daňové kontroly v horizontu několika měsíců až dvou let. Proto je nutné vzít v úvahu, že kontrolovaná společnost nebude mít daný prostor po určitou dobu k dispozici.

Velmi často se lze s pracovníky finančního úřadu neformálně domluvit, že daňová kontrola bude převážně probíhat na finančním úřadě a pouze nezbytné úkony budou v předem stanovenou dobu prováděny v prostorách daňového subjektu tak, aby nedošlo k zásadnímu narušení ostatních činností daňového subjektu. Finanční úřad by neměl vyžadovat po daňovém subjektu například pronajmout si dodatečné prostory k provedení daňové kontroly, čímž by vznikaly daňovému subjektu dodatečné náklady. V této souvislosti by měly být respektovány zásady hospodárnosti a přiměřenosti, které jsou ukotveny v daňovém řádu. Nicméně vždy bude samozřejmě záležet na konkrétních pracovnících, do jaké míry budou ochotni se s kontrolovaným subjektem domluvit. Současně bude velmi záležet také na konkrétním kontrolovaném subjektu a případných okolnostech.

Příklad 1:

Pokud bude daňová kontrola na DPH probíhat u OSVČ vykonávající svoji činnost doma (například architekt, který nemá k dispozici žádnou kancelář) a ve zdaňovacím období eviduje pouze jednotky daňových dokladů, bylo by nesmyslné ze strany finančního úřadu vyžadovat zajištění vhodného prostoru k daňové kontrole. V takovém případě by si správce daně dle zásady hospodárnosti a přiměřenosti tyto daňové doklady pravděpodobně převzal a jejich kontrolu provedl v kancelářích finančního úřadu. V případě dodatečných dotazů ze strany správce daně by následně architekt (případě jeho zástupce) přišel vše objasnit v rámci ústního protokolu do kanceláře finančního úřadu.

Příklad 2:

Pokud by daňová kontrola na DPH probíhala u stavební společnosti, která má tisíce daňových dokladů v kontrolovaném období, bude vhodné provést takovou kontrolu v prostorách společnosti. Správce daně se bude moci v případě potřeby ihned dotazovat odpovědných pracovníků (nejčastěji účetních), kteří mohou obratem dohledat případné další podklady a informace (například emailovou komunikaci, předávací protokoly apod.), a bude tak zajištěno rychlejší a hospodárnější provedení daňové kontroly.

Dále je vhodné, aby daňový subjekt měl předem vyjasněnou otázku zastupování při daňové kontrole, případně zda bude společnost zastupovat sám jednatel. Daňový subjekt mohou zastupovat interní pracovníci, advokát nebo ideálně certifikovaný daňový poradce. Interní zastoupení lze doporučit v případě, kdy daňový subjekt zaměstnává zodpovědné pracovníky a současně tito pracovníci působí u  daňového subjektu delší dobu, tedy jsou jim známy poměry a určitá historie daňového subjektu, ideálně sami vypočítali daňovou povinnost u kontrolované daně a nejlépe k tomu ještě navíc ovládají daňové právo z hlediska procesu. Bohužel ne vždy má daňový subjekt takové zaměstnance, proto lze doporučit zastupování při daňové kontrole externímu advokátovi či daňovému poradci.

V rámci přípravy je nezbytné mít také připravené všechny relevantní podklady nezbytné pro daňovou kontrolu. V této souvislosti lze doporučit průběžně sbírat a archivovat všechny podklady, které budou úplné a kdykoliv dostupné a uspořádané. Pokud se tak neděje, daňový subjekt musí být i přesto schopen po oznámení o zahájení daňové kontroly ze strany finančního úřadu zajistit během několika dnů veškerou dokumentaci sesbírat na jedno centrální místo. Úplnost a dostupnost relevantních podkladů se považuje za zcela nezbytnou pro daňovou kontrolu, neboť právě kvalita, ale v některých sporných případech také kvantita relevantních podkladů bude rozhodující pro úspěšnou daňovou kontrolu, protože právě na základě těchto podkladů budou vycházet základní důkazní prostředky.

Příklad 3:

Finanční úřad na základě přijatého daňového dokladu za poskytnutí reklamy bude vyžadovat prokázání, že skutečně sloužila k ekonomické činnosti daňového subjektu. V této souvislosti je vhodné mít k dispozici další dokumenty, které toto prokazují (například fotografii billboardu, emailovou komunikaci s dodavatelem reklamy, výstupy z PR oddělení prokazující konkrétní obsah reklamy apod.)