Komentovaný zákon tak ve svém cíli směřuje zejména k zjednodušení  mnohdy nepřehledné, přebujelé a příliš rigidní právní úpravy rejstříkového řízení a s tím souvisejícího zrychlení zápisů do obchodního rejstříku.Mělo by proto odpadnout mnohdy neúměrně dlouhé čekání na provedení zápisu do obchodního rejstříku, třebaže je nutno si klást otázku, zda ne za cenu jistého snížení právní jistoty v údaje a skutečnosti v rejstříku zapsané.

Rejstříkové řízení se v současné době vyznačuje nejednotností výkladu některých jeho ustanovení napříč soudy v celé České republice, což neméně krát vede k praktickým problémům spojených kupř. s problematickým dokládáním zapisovaných skutečností do obchodního rejstříku. Bývá označováno  jako tzv. úřednické dotváření práva, v důsledku kterého je mnohdy navrhovatel postaven do situace, kdy je na výzvu soudu povinen dokládat zapisované a údaje dokumenty, požadavek na jejichž prezentaci není v zákoně přímo stanoven, avšak plyne z obecné povinnosti navrhovatele prokázat v rejstříkovém řízení veškerá tvrzení obsažená v návrhu na zápis. Tento neuspokojivý stav nebyl vyřešen ani za pomoci řady dílčích novel. Jak bude pojednáno níže, uvedený  nešvar se komentovaný zákon pokusil odstranit zavedením speciálních formulářů  a seznamu dokládaných listin. Zavedení formulářů má přitom kromě dalšího vést i ke snížení zátěže soudních úředníků, neboť  odpadne agenda spojená s výzvami  k odstranění nedostatků návrhů a k doplnění soudem vyžadovaných listin.

Komentovaný zákon však nelze chápat jako není celkovou rekodifikaci rejstříkového řízení, třebaže  jeho procesní část značně modifikuje, zejména pak změnou ve vymezení účastníků rejstříkového řízení (řízení ve věcech obchodního rejstříku dle § 200a a násl. občanského soudního řádu). Těmi již nadále nejsou osoby osoby zapisované v rámci zápisu podnikatele do obchodního rejstříku, což má kromě dalšího vést k dalšímu urychlení celého řízení. Důležitým rysem komentovaného zákona je i modernizace způsobu vedení obchodního rejstříku za pomoci nových informačních technologií.

Komentovaný zákon nemění nic na obecném chápání pojetí obchodního rejstříku jako veřejného seznamu vedeného i nadále pouze soudy, do kterého se zapisují údaje o podnikatelích. Upřednostňuje však jeho funkci evidenční namísto dosavadní registrační. Součástí obchodního rejstříku zůstává i nadále sbírka listin. Obchodní rejstřík má být nadále veden jen v elektronické podobě.  Tato povinnost však stíhá rejstříkové soudy až od 1.1.2007; do tohoto data lze dle přechodných ustanoveních komentovaného zákona vést i nadále obchodní rejstřík pouze v listinné podobě.

Zákon hned v úvodu zcela ruší ustanovení § 3 obchodního zákoníku vymezující osobu podnikatele dle obchodního zákoníku. Předmětné ustanovení však nachází náhradu v § 34 komentovaného zákona. Dle něj se do obchodního rejstříku  zapisují obchodní společnosti a družstva, zahraniční osoby dle ů 21 odst. 4 obchodního zákoníku, fyzické osoby, které jsou podnikateli a mají trvalý pobyt nebo bydliště v ČR nebo v některém z členských států Evropské unie nebo v jiném státě tvořícím Evropský hospodářský prostor, pokud o zápis požádají, jakož i další osoby, stanoví-li povinnost jejich zápisu zvláštní právní předpis. Blíže k zápisu fyzických osob do obchodního rejstříku viz § 34 odst. 2 až 4. komentovaného zákona.

Komentovaný zákon zachovává dosavadní princip formální publicity, jakožto i princip pozitivní a negativní publicity obchodního rejstříku. Od 1.1.2007 navíc  umožňuje rejstříkovému soudu vydávat opis zápisu nebo listiny uložené ve sbírce listin nebo potvrzení o tom, že určitý údaj v obchodním rejstříku  není, nejen písemně, ale i v elektronické podobě. O úředně ověřený elektronický opis ale může žadatel požádat jen tehdy, je-li jeho žádost opatřena ověřeným elektronickým podpisem. Účinnost zápisu vůči třetím osobám je i nadále vázána na jeho zveřejnění v obchodním věstníku, konkrétně pak na 16. den od tohoto zveřejnění, ledaže se prokáže, že třetí osobě musely být zapsané údaje nebo obsah uložených listin již dříve známy.

Návrh na zápis, změnu nebo výmaz zápisu v obchodním rejstříku je od 1.7.2005 oprávněna podat předně osoba uvedená v § 34 obchodního zákoníku (viz výše). Teprve tehdy, pokud takováto aktivně věcně legitimovaná osoba tuto povinnost nesplní nejpozději do 15 ti dnů ode dne vzniku této povinnosti, je oprávněn předmětný návrh podat i jiný subjekt. Musí však doložit, že má na tomto návrhu právní zájem a k návrhu přiložit předepsané listiny.  Z důvodu změny procesního účastenství však komentovaný zákon v této souvislosti nově ukládá každému navrhovateli současně s návrhem doložit také písemný souhlas osob, které se podle obchodního zákoníku nebo zvláštního právního předpisu zapisují v rámci zápisu podnikatele (jednatel, člen představenstva či dozorčí rady, prokurista, společník apod.) s tímto jejich zápisem či výmazem. Praktické důsledky takovéto důkazní povinnosti však mohou dle mého názoru probíhající rejstříkové řízení namísto původního záměru naopak prodloužit, zvláště pak tehdy, bude-li příslušná osoba udělení souhlasu odmítat či nebude-li kupř. známo, kde se zdržuje.  Z uvedeného zákon umožňuje zákon následující výjimku - souhlas osob zapisovaných v rámci zápisu podnikatele si nebude nucen navrhovatel obstarat  pouze tehdy, pokud  plyne z jiných k návrhu přikládaných listin. Podpis těchto osob na souhlasu musí být úředně ověřen, není-li obsažen v notářském zápisu.

Jak již bylo poukázáno výše, mezi podstatné změny, které komentovaný zákon v porovnání s dosavadní právní úpravou přináší, jistě patří i povinnost podávat návrhy na rejstříkový soud na předepsaném formuláři. Zavedení této povinnosti tak podtrhuje význam rejstříku jakožto instituce evidenční, nikoliv přezkumné. Formuláře pro tyto účely je pověřeno vydávat Ministerstvo spravedlnosti  České republiky a jsou dostupné spolu se seznamem přikládaných listin způsobem umožňujícím dálkový přístup, a to na internetové adrese www.justice.cz. S uvedeným souvisí zejména to omezení, že nebude možné podávat návrh na vlastním formuláři, byť o stejném obsahu. Došlý návrh, bude-li na zákonném formuláři, bude přezkoumáván v zásadě pouze formálně  a každý navrhovatel tak bude odpovídat za případné prodlevy v řízení z důvodu nedostatku vyplnění či nepřiložení předepsané listiny. I nadále platí, že pravost podpisu navrhovatele musí být úředně ověřena. Povinnost podat návrh na předepsaném formuláři však nestíhá všechny subjekty – neplatí pro řízení týkající se státních podniků, právnických osob veřejného práva zřízených zvláštním právním předpisem a v případech, kdy se zápis provádí nebo mění z úřední povinnosti. Můžeme tedy uzavřít, že soud nebude oprávněn požadovat více, než kolik předpokládají formuláře a seznam příloh. 

Novinkou také je to, že od 1.1.2007 bude možno podávat návrhy elektronickou formou, a to včetně listin k návrhu přikládaných. Každý z takovýchto návrhů však bude muset být opatřen zaručeným elektronickým podpisem. Následkem této skutečnosti a povinnosti vést rejstřík v elektronické podobě je i povinnost rejstříkového soudu uchovávat návrhy a listiny pouze v elektronické podobě; ty, které mu došly poštou, je povinen do této podoby bez zbytečného odkladu převést. 

Komentovaný zákon ale kromě zcela nové právní úpravy přináší i přestylizovaná ustanovení obsažená v dosavadní textu obchodního zákoníku. Jedná se o právní úpravu obsaženou v § 35  až § 38l komentovaného zákona. I přesto ale některá z těchto ustanovení přináší i některé změny v porovnání s dosavadním stavem. Je tomu tak např. u ustanovení § 37 komentovaného zákona, které vychází z dosavadního znění § 30 obchodního zákoníku. Novinkou, kterou toto ustanovení přináší, je však změna způsobu dokládání právního důvodu užívání prostor, do nichž umístil navrhovatel své sídlo. Nadále  postačí pouhé písemné prohlášení vlastníka takovéto nemovitosti, bytu nebo nebytového prostoru, případně osoby oprávněné s nimi jinak nakládat, že s takovýmto umístěním souhlasí. Odpadá tak zejména povinnost dokládat rejstříkovému soudu smlouvy, na jejichž základě je navrhovatel předmětné prostory či nemovitost oprávněn užívat, jakož i povinnost dokládat vlastnictví těchto prostor či nemovitostí výpisem z katastru nemovitostí. Nepřebírá se ani dosavadní znění § 30 odst. 3 obchodního zákoníku. Od 1.7.2005 si proto bude muset každá zahraniční osoba  zvolit doručovací adresu na území ČR nebo zmocněnce pro doručování - to platí bez rozdílu pro všechny zahraniční osoby. Listina obsahující sdělení doručovací adresy nebo zmocněnce bude přílohou návrhu. Z ustanovení § 38h  komentovaného zákona, které jinak obsahově pojímá dosavadní ustanovení § 28 odst. 3, resp. 4, pak vyplývá mimo jiné zase to,  že namísto předmětu podnikání organizační složky podniku se zavádí předmět činnosti, neboť podniká zahraniční osoba, nikoliv věc (hromadná), kterou má tato v majetku. Změny nalezneme i v ustanoveních § 38i a § 38j komentovaného zákona vycházejících z dikce dosavadního ustanovení § 27a odst. 2 obchodního zákoníku. Povinnost uložení účetních záznamů do sbírky listin dle tohoto ustanovení se tak nadále nevztahuje na organizační složky (pobočky) zahraničních úvěrových a finančních institucí. Dále pak  je oproti dnešní úpravě vyjmuta povinnost ukládat oceňující znalecký posudek na vklad komanditisty.

I nadále platí, že navrhovatel předkládá listiny zakládané do sbírky listin ve dvojím vyhotovení, přičemž ty z nich, jimiž nejsou dokládány zapisované skutečnosti, se předkládají pouze ve vyhotovení jediném. Jde-li o listiny psané v cizím jazyce, rejstříkový soud uloží navrhovateli, aby předložil také její překlad. Překlad však musí být úředně ověřen pouze za předpokladu, že se jedná o překlad z jazyka, který není úředním jazykem nebo některým z úředních jazyků členského státu EU nebo jiného státu tvořící EHP. Česká osoba, zahraniční osoba se sídlem v některém z členských států EU nebo v jiném státě tvořícím EHP může listiny, které se ukládají do sbírky listin, předložit také v některém z úředních jazyků EU. I v takovém případě však bude povinna zajistit jejich překlad do češtiny.    

Změny v právu hmotném byly promítnuty i do příslušných ustanovení občanského soudního řádu, a to zejména  v části upravující řízení ve věcech obchodního rejstříku (§ 200a a násl. občanského soudního řádu). Jak již bylo uvedeno úvodem, jde zejména o změnu v účastenství v tomto nesporném civilním řízení a o stanovení zákonné lhůty k vyřízení návrhu rejstříkovým soudem.

Účastníky řízení jsou nově pouze navrhovatel a podnikatel; osoby, které se zapisují dle zvláštních právních předpisů do obchodního rejstříku v rámci zápisu podnikatele touto novelou zákona pozbývají možnost býti i nadále účastníky tohoto soudního řízení.  To by v praxi mělo vést k mnohdy významné časové úspoře v těchto řízeních. V řízeních ve věcech obchodního rejstříku se proto v důsledku této změny nepoužije ustanovení § 94 odst. 1 a 2 o.s.ř., ani právní úprava obsažená  v § 43 o.s.ř.

Soud návrh bez toho, že by nejprve vyzval navrhovatele k jeho opravě nebo doplnění, usnesením  odmítne v taxativně vymezených případech obsažených v § 200d odst. 1 komentovaného zákona, mimo jiné i proto, že návrh není podán na příslušném formuláři či k němu nejsou připojeny listiny, jimiž mají být doloženy zapisované či vymazávané skutečnosti a údaje.  To neplatí, jestliže k návrhu nebyla připojena listina proto, že taková listina se podle práva, kterým se řídí zapisovaná zahraniční osoba, nevydává, jakož i v případě, že listina byla nesprávně označena nebo nesplňuje všechny formální požadavky stanovené zvláštním právním předpisem, to však pouze za předpokladu, že rozhodné skutečnosti jsou doloženy jinými listinami, které byly k návrhu připojeny. 

Další důležitou změnu přináší ustanovení § 200db komentovaného zákona. V zájmu urychlení celého procesu je soudu stanovena procesní lhůta,v průběhu které je v případě, že nebyl návrh odmítnut, povinen  provést zápis do rejstříku anebo povinen rozhodnout o návrhu usnesením. Délka této lhůty, není-li zvláštním právním předpisem stanoveno jinak (viz např. § 206 odst. 3 obchodního zákoníku), je pět pracovních dnů. Tato délka trvání lhůty se však použije až od 1.7.2006, neboť do tohoto data je lhůta dle přechodných ustanovení komentovaného zákona o dalších pět pracovních dnů prodloužena.

Předmětná  lhůta přitom počíná běžet ode dne podání návrhu. To neplatí, došlo-li později ke změně návrhu či k zaplacení soudního poplatku nikoli souběžně s návrhem, nýbrž až v průběhu řízení. V takovém případě počíná běžet lhůta ode dne zaplacení soudního poplatku nebo ode dne, kdy soud došel změněný návrh. Neprovede-li soud v této době zápis či nerozhodne-li ani o návrhu usnesením, považuje se navrhovaný zápis za provedený dnem následujícím po jejím marném uplynutí. To ovšem neplatí, byl-li před jejím uplynutím vzat návrh účinně zpět. Je samozřejmé, že důsledky domněnky zápisu je nutné řešit také ve vztahu k třetím osobám. Podnikatel a osoby, které se podle zvláštního právního předpisu zapisují do rejstříku v rámci zápisu podnikatele, se ale mohou do 1 měsíce od zápisu návrhem domáhat u příslušného rejstříkového soudu výmazu nebo změny takovéhoto zápisu provedeného v důsledku marného uplynutí příslušné lhůty k zápisu do rejstříku či k rozhodnutí o návrhu usnesením. Zmeškání  této jednoměsíční lhůty ale nelze prominout, jedná se tak o lhůtu propadnou.

Soudu je dále uložena povinnost po provedeném zápisu do rejstříku vyrozumět účastníky tohoto řízení tak, že jim zašle nejpozději do 3 dnů od provedení zápisu výpis z rejstříku obsahující tento zápis.

Na závěr je třeba podotknout, že řízení zahájená před 1. 7. 2005  se dokončí dle dosavadních právních předpisů.