Na druhé straně, pravděpodobně vedena snahou poskytnout určitou dobu k přizpůsobení se novým limitům, stanovila Evropská rada obecný rámec pro obchodování s povolenkami na emise (Směrnice 2003/87/ES). Povolení bude vydáno na dobu maximálně 5 let a taková je i  nejdelší přípustná doba „úplatného přenechání produkce emisí“. Pokud tudíž některý podnik díky provedené modernizaci vyprodukuje zplodin podstatně méně, než je jeho povolený limit, může rozdíl mezi povoleným a produkovaným objemem emisí prodat. Takovouto povolenku pak koupí podnik, který má problémy s nadměrnou produkcí zplodin, která překračuje jemu stanovený limit. Tato rámcová směrnice má být i v České republice implementována a podrobně rozpracována. V této souvislosti je možno uvést, že návrh příslušného zákona by měl být v nejbližší době projednáván v Parlamentu.

Vydávání povolení na produkování emisí je v kompetenci jednotlivých členských států, které také mohou samostatně určit celkový počet vydávaných povolenek. V České republice by tato činnost měla spadat do kompetence Ministerstva životního prostředí. Při vydávání povolení bude významnou roli hrát tzv. Národní alokační plán, který by měl být v pětiletých intervalech (první období od 1.1.2005 by mělo být tříleté) připravován Ministerstvem životního prostředí ve spolupráci s Ministerstvem průmyslu a obchodu. Udělené povolení je nezbytným předpokladem pro provozování určitých průmyslových činnosti po 1.1.2005. Provozovatel zařízení, který hodlá provozovat nadále danou činnost, je povinen požádat o toto povolení do 6 týdnů od účinnosti nového zákona. Držitel povolení má určité monitorovací a oznamovací povinnosti vůči Ministerstvu životního prostředí, při jejichž neplnění může být pokutován v řádech miliónů korun českých.

Obchodování s povolenkami na emise skleníkových plynů má být i u nás výrazně regulováno. Má být zřízen registr obchodování s povolenkami a finanční prostředky získané prodejem mají být přednostně použity k investicím do nových technologií, které by měly být ekologicky šetrnější. Upraven je dále i okamžik, kdy musí být povolenky vyřazeny z obchodování, a přestávají tak být obchodovatelné. Cílem této právní úpravy je zabránění zneužívání tohoto institutu a zajištění plnění ekologických limitů ekonomikou jako celkem. Umožněn má být nejen prodej povolenek v rámci jednoho státu, ale v rámci celé EU. Zároveň s tím je však třeba očekávat výrazný nárůst administrativy v oblasti průmyslu produkujícího skleníkové plyny. Dotčené podniky by proto s úpravou svých vnitřních procesů v návaznosti na novou legislativu neměly otálet.