S ohledem na speciální povahu zákona o nájmu a podnájmu nebytových prostor ve vztahu k občanskému zákoníku (zákonu č. 40/1964 Sb. ) lze totiž možnost odstoupení od takové smlouvy dovodit z ustanovení § 679 občanského zákoníku. Toto ustanovení se na nájemní vztah založený smlouvou o nájmu nebytových prostor použije také, protože jeho aplikaci zákon o nájmu a podnájmu nebytových prostor nevylučuje (např. tím, že by obsahoval od něj odlišnou úpravu). Vzhledem k tomu, že právo odstoupit od uzavřené smlouvy nemusí plynout pouze ze zákona, ale může být založeno i smluvně, nelze vyloučit ani to, že se smluvní strany dohodnou na jiných důvodech pro zrušení smlouvy odstoupením. Pokud však této možnosti nevyužijí, je třeba v případě zvažovaného odstoupení od smlouvy o nájmu nebytových prostor postupovat výlučně podle již zmiňovaného ustanovení § 679 občanského zákoníku. Jeho krátký komentář bude také předmětem následujícího pojednání.

Podle ustanovení § 679 občanského zákoníku může od smlouvy o nájmu nebytových prostor odstoupit jak pronajímatel, tak nájemce, každý z nich samozřejmě z jiných důvodů.

Jak vyplývá z ustanovení § 679 odst. 3 občanského zákoníku, pronajímatel může od smlouvy kdykoli odstoupit, užívá-li nájemce i přes písemnou výstrahu pronajatý nebytový prostor nebo trpí-li jeho užívání (např. ze strany jeho zaměstnanců či podnájemníků) takovým způsobem, že pronajímateli buď již škoda vzniká,  nebo mu značná škoda hrozí.

Z uvedeného plyne, že v praxi půjde především o situace, kdy užíváním pronajatého nebytového prostoru dochází k zhoršování jeho stavu a tedy i ke zmenšování jeho hodnoty. Pokud již ke vzniku škody skutečně došlo, je možno nejen od příslušné smlouvy na základě tohoto ustanovení odstoupit, ale zároveň po osobě za škodu odpovědné požadovat její náhradu. Je ovšem nutné si uvědomit, že samotnému odstoupení od uzavřené smlouvy musí předcházet písemná výstraha, tato výstraha musí dojít do dispozice nájemce a nájemce musí ve svém protiprávním jednání i nadále pokračovat.

Zároveň je třeba podotknout, že z důvodu užívání nebytového prostoru v rozporu se smlouvou může pronajímatel skončit nájemní vztah i jinak, a to výpovědí. Toto řešení je však časově náročnější, protože narozdíl od odstoupení nedochází ke skončení nájmu již samotným doručením výpovědi nájemci, ale až uplynutím výpovědní doby. Výpovědní lhůta je přitom tři měsíce (nebylo-li dohodnuto jinak) a počítá se od prvého dne měsíce následujícího po doručení výpovědi.

Ustanovení § 679 odst. 3 občanského zákoníku dále uvádí, kdy pronajímatel nebytového prostoru naopak není oprávněn od smlouvy odstoupit. Pronajímatel tak nemá kromě jiného právo zrušit nájemní smlouvu odstoupením v případě, jestliže nájemce, ač upomenut, nezaplatil splatné nájemné ani do splatnosti dalšího nájemného, a je-li tato doba kratší, do tří měsíců od jeho splatnosti. Na tuto eventualitu je třeba pamatovat zejména v případě, kdy se smluvní strany nájemní smlouvy dohodly na dalších důvodech pro odstoupení od smlouvy (viz druhý odstavec shora), přičemž jedním z důvodů je i neplacení nájemného. Takové smluvní ujednání by totiž bylo v rozporu se zákonem a tedy i neplatné. Za neplacení nájemného lze ovšem nájemci vypovědět nájemní smlouvu.

Oprávnění nájemce odstoupit od smlouvy o nájmu nebytového prostoru je zakotveno v ustanovení § 679 odst. 1 a 2. Nájemce tak zejména může od smlouvy odstoupit, jestliže mu byl nebytový prostor předán ve stavu nezpůsobilém ke smluvenému nebo obvyklému užívání, případně stane-li se tak později, aniž by nájemce porušil nějakou svoji povinnost.

K předchozímu odstavci je však nutné podotknout, že dle ustanovení § 5 odst. 1 zákona o nájmu bytových a nebytových prostor je pronajímatel povinen odevzdat nebytový prostor nájemci ve stavu způsobilém ke smluvenému nebo obvyklému užívání a v tomto stavu jej udržovat pouze za předpokladu, že není dohodnuto jinak. Pokud se tedy nájemce s pronajímatelem dohodnou na tom, že nebytový prostor nebude ke dni jeho předání nájemci plně odpovídat jeho smluvenému užívání (např. proto, že se jej nájemce do tohoto stavu zavázal uvést vlastními silami), důvod k odstoupení od nájemní smlouvy naplněn samozřejmě nebude.

Další významný důvod, pro který může nájemce od smlouvy odstoupit, je skutečnost, že se nebytový prostor, který byl určen k tomu, aby se v něm zdržovali lidé (typicky půjde o kancelář, obchod apod.), stal zdravotně závadný. Toto právo má nájemce i v případě, věděl-li o tom při uzavření smlouvy. Nebytový prostor musí být zdravotně závadný trvale; půjde-li pouze o přechodný stav, právo odstoupit od nájemní smlouvy nevznikne.  Namísto něj se v takové situaci může nájemce po pronajímateli domáhat slevy z nájemného.