Jednatel může ze své funkce odstoupit z jakéhokoliv důvodu, ale i bez jeho udání. Své odstoupení však samozřejmě musí vždy společnosti oznámit. Jakmile je odstoupení společnosti oznámeno, stává se závazným jak pro jednatele, tak pro společnost samu.

Úvodem je vhodné upozornit na to, že funkce jednatele společnosti nezaniká automaticky dnem doručení odstoupení společnosti. Výkon funkce jednatele totiž končí až dnem, kdy odstoupení na svém nejbližším zasedání projednal nebo měl projednat příslušný orgán společnosti. Účelem této legislativní úpravy je dle ustálené soudní judikatury (viz např. rozhodnutí Nejvyššího soudu České republiky č.j. 29 Odo 181/2003-124, www.nsoud.cz) „na jedné straně umožnit orgánům či členům orgánů společnosti, aby mohli odstoupit z funkce bez toho, že by jim v tom společnost mohla zabránit, ať již aktivním jednáním nebo nečinností, na druhé straně pak ochránit společnost před tím, že statutární orgán nebo jeho člen ukončí funkci ze dne na den aniž by dal společnosti přiměřený čas k tomu, aby si za něj mohla najít adekvátní náhradu.“

Má-li společnost více jednatelů, může společenská smlouva nebo stanovy určit, že je jednatel povinen oznámit svoji rezignaci zbylým jednatelům. Oznámit svoji rezignaci zbylým jednatelům může jednatel předně rovnou na schůzi všech jednatelů. S ohledem na skutečnost, že se z každé schůze jednatelů pořizuje zápis, není třeba samotnou rezignaci předkládat ostatním jednatelům písemně. K návrhu na výmaz jednatele z obchodního rejstříku v takovém případě postačí předložit zápis ze schůze jednatelů, ze kterého odstoupení z funkce jednatele přímo na zasedání plyne.

Oznámí-li jednatel odstoupení z funkce přímo na schůzi jednatelů, nekončí jeho funkce automaticky k tomuto dni. Pokud na jeho žádost neschválí jednatelé jiný okamžik (např. právě den konání schůze, na níž jednatel na svoji funkci rezignoval), pak výkon jeho funkce končí až uplynutím 2 měsíců od konání dané schůze.

Oznámí-li naopak jednatel svoji rezignaci zbylým jednatelům společnosti před samotným konáním jejich zasedání, zaniká výkon jeho funkce dnem, kdy ostatní jednatelé danou rezignaci projednali nebo měli projednat, a to na jejich prvním zasedání konaném po doručení oznámení o rezignaci. Z tohoto pohledu lze proto pouze doporučit vypracovat samotné odstoupení písemně a mít doklad o jeho doručení ostatním jednatelům. V opačném případě se bývalý jednatel vystavuje možné důkazní nouzi v soudním řízení o jeho výmazu z obchodního rejstříku.

V případě, že společenská smlouva nebo stanovy výše uvedenou možnost nepřipouští, musí jednatel oznámit svoji rezignaci valné hromadě společnosti, nejlépe opět písemně. Valná hromada je povinna tuto rezignaci projednat na nejbližším svém zasedání. Jakmile se tak stane (případně se tak stát mělo, ale valná hromada se v daný termín kupř. nesešla v usnášeníschopném počtu, případně se sice sešla, ale rezignaci jednatele neprojednala), končí tímto dnem výkon funkce jednatele. 

Také zde platí, že oznámí-li jednatel odstoupení z funkce přímo na zasedání valné hromady, nekončí jeho funkce bez dalšího ke stejnému dni. Pokud na jeho žádost neschválí valná hromada jiný okamžik, pak výkon jeho funkce končí uplynutím 2 měsíců od konání tohoto zasedání.

Výše uvedený výklad se vztahoval k situaci, kdy společnost měla více jednatelů. Má-li společnost s ručením omezeným pouze jediného jednatele, který navíc hodlá na svoji funkci rezignovat, může své odstoupení oznámit pouze valné hromadě společnosti. I zde platí, že výkon funkce tohoto jednatele končí dnem, kdy valná hromada jeho rezignaci projednala nebo měla projednat. Vzhledem k tomu, že se společnost v důsledku rezignace jediné jednatele ocitá bez statutárního orgánu, ukládá ji zákon, aby do tří měsíců zvolila její valná hromada jednatele nového. Nestane-li se tak, může v krajním případě soud společnost i bez návrhu zrušit a nařídit její likvidaci.  

Oznámí-li jediný jednatel svoji rezignaci až  na zasedání valné hromady společnosti, končí výkon jeho funkce až uplynutím 2 měsíců od konání tohoto zasedání (pokud na jeho žádost neschválí valná hromada jiný okamžik).

Má-li společnost jediného společníka i jednatele, případně nejsou-li zbylí jednatelé dle společenské smlouvy oprávněni projednat jeho rezignaci, zaniká výkon funkce jednatele dnem doručení rezignace (nejlépe opět v písemné formě) jedinému společníkovi. Ten totiž, jak plyne z logiky věci, nemusí s nikým jednatelovu rezignaci projednat.