Likvidací společnosti se nazývá proces předcházející zrušení společnosti samotné. Likvidaci ukládá provést  zákon v těch případech, kdy dochází ke zrušení společnosti bez právního nástupce.

Likvidace se naopak nevyžaduje tehdy, zrušuje-li se společnost s právním nástupcem, tedy dochází-li k tzv. přeměně společnosti. Likvidace se rovněž zpravidla nevyžaduje v případech, došlo-li k zamítnutí návrhu na prohlášení konkursu pro nedostatek majetku společnosti, došlo-li zrušení konkursu na majetek společnosti po splnění rozvrhového usnesení, případně z důvodu, že majetek společnosti nepostačuje k úhradě nákladů konkursu, to vše za předpokladu, že společnost nemá žádný majetek.

O zrušení společnosti a jejím vstupu do likvidace rozhoduje zpravidla její valná hromada. V některých případech dochází ke zrušení společnosti s likvidací přímo ze zákona, případně rozhod-nutím soudu.

Z ustanovení § 153 obchodního zákoníku, které upravuje vypořádání společníků s ručením omezením při její likvidaci, plyne, že se podíl jednotlivých společníků na likvidačním zůstatku určuje poměrem jejich obchodních podílů. Zároveň ale zákon umožňuje, aby společenská smlouva společnosti (nikoliv její stanovy) upravila stanovení podílu na likvidačním zůstatku odlišně.

Tím, že lze ve společenské smlouvě vyloučit souvztažnost mezi výší podílu na likvidačním zůstatku a výší obchodních podílů jednotlivých společníků, umožňuje vlastně zákon založit mezi společníky nerovné postavení. Společníci se tak mohou dohodnout a do společenské smlouvy zakotvit kupř. takové pravidlo pro stanovení podílu na likvidačním zůstatku, které nebere v potaz ani výši obchodního podílu na společnosti, ani výši vkladu.

Odchýlit se výše uvedeným způsobem od zákona mohou společníci jak ve vztahu ke všem z nich, tak pouze k některým. Rozhodnou-li se společníci toho využít, měli by si v prvé řadě uvědo-mit, že možnost odchýlit se ve společenské smlouvě od zákona není bezbřehá. Lze proto jen doporučit, aby vždy postupovali s rozvahou a neznevýhodňovali některého společníka před jinými bez vážného důvodu. V praxi tak zpravidla dochází ke zvýhodnění toho ze společníků, který se na činnosti společnosti podílí osobně, případně který jiným způsobem představuje pro společnost zvláštní přínos.

Nebudou-li společníci výše uvedené doporučení respektovat, pak zejména hrozí, že v případě sporu o výši podílu na likvidačním zůstatku dle ustanovení § 75 odst. 2 obchodního zákoníku pro-hlásí soud celé takové smluvní ujednání za neplatné a žalobu zamítne. Důvodem k takovému roz-hodnutí  bude zřejmě rozpor předmětného ustanovení s dobrými mravy,  případně skutečnost, že se příčí zásadám poctivého obchodního styku. Za takové situace by byl likvidátor společnosti povinen zpracovat nový návrh na rozdělení likvidačního zůstatku mezi společníky. Při stanovení podílu na likvidačním zůstatku by likvidátor musel postupovat podle zákonného pravidla, tedy podle věty druhé ustanovení § 153 obchodního zákoníku.