Návrh ministra vnitra na vytvoření nové organizační struktury služby cizinecké a pohraniční policie přijala vláda svým usnesením v červenci loňského roku. Základen pro jeho vypracování byla analýza situace v oblasti nelegální migrace, nelegálního pobytu cizinců v ČR a systémového zajištění ochrany státních hranic České republiky. Byl porovnán stávající systém ochrany státních hranic se systémy uplatňovanými v některých státech EU i v přistupujících zemích.
Návrh na vytvoření nové organizační struktury stávající služby cizinecké a pohraniční policie vychází z potřeby přizpůsobení praxe ochrany státních hranic systémům obvyklým v schengenských zemích. Zahrnuje kontrolu osob, které překračují státní hranice, ochranu „zelené“ hranice a dodržování pobytového režimu cizinců.
V podstatě se jedná o ustanovení služby cizinecké a pohraniční policie do jednoho útvaru policie s celorepublikovou působností, na rozdíl od současného řízení na teritoriálním principu. Předností tohoto řešení je zejména soustředění pozorností na plnění úkolů souvisejících s ochranou státních hranic a pobytem cizinců, zlepšení podmínek k rychlejší reakci na momentální vývoj situace, efektivnějšímu využití finančně nákladných technických prostředků.
Vytváření služby cizinecké a pohraniční policie s celorepublikovou působností bude realizováno v průběhu let 2000-2002 dvěma postupnými systémovými kroky tak, aby nedošlo k narušení plnění úkolů Policie ČR.
Řídícím a kontrolním článkem celé služby bude Ředitelství služby cizinecké a pohraniční policie. Ke zřízení útvaru bude využito především pracovních míst stávající služby cizinecké a pohraniční. V ekonomické oblasti se předpokládá převedení všech druhů stávajícího materiálu, včetně adekvátní části finančních prostředků. Nepředpokládá se žádné neplánované čerpání rozpočtových prostředků. Navrhované řešení naopak umožní v některých případech finanční úspory na nájemném v oblastech hraničních přechodů.
V první etapě nové organizační struktury budou vytvořeny legislativní předpoklady pro změnu struktury řízení služby cizinecké a pohraniční policie a vytvoření nových organizačních celků.
Sloučením oddělení pohraniční policie (v současné době plní úkoly ochrany „zelené hranice“) a referátů cizinecké policie (plní úkoly na úseku povolování pobytu a kontroly vstupu a výstupu osob na hraničních přechodech) dojde ke vzniku referátů (SCPP). Toto opatření přinese zefektivnění ochrany státní hranice a přispěje ke zvýšení policistů na 1 km státních hranic. Policisté tak budou schopni rychleji reagovat na momentální vývoj situace. Nová organizační struktura přináší také efektivnější využití finančně nákladných technických prostředků na ochranu státních hranic.
V rámci krajů jsou zřizovány pátrací odbory, které zejména vyhledávají trestnou činnost spojenou s nelegálními přechody a obecnou trestnou činnost, dále pak pátrají v příhraničních oblastech po osobách, které ilegálně překročily státní hranici. Plní také další úkoly související s ochranou státních hranic a pobytem cizinců na území republiky.Vznikem těchto útvarů v rámci Severomoravského a Jihomoravského kraje již byla posílena ochrana státních hranic se Slovenskou republikou. Od října 2000 působí mobilní pátrací útvary také na území Severočeského kraje.
Ve druhé etapě realizace organizačních změn dojde ke změně ve struktuře Policie ČR vznikem Služby cizinecké a pohraniční policie jako útvaru Policie ČR s celorepublikovou působností, a to k 1. lednu 2002.