V § 14 azylového zákona se setkáváme z hlediska teorie správního práva jak se správním uvážením („lze udělit humanitární azyl“), tak i neurčitým pojmem („důvod hodný zvláštního zřetele“) a jak se k tomu také několikrát vyslovil Nejvyšší správní soud ve svých rozhodnutích.Správní uvážení stojí na existenci určité volnosti k úvaze správního orgánu a výběru z nejméně dvou variant dalšího postupu (azyl udělit nebo neudělit). Správnímu orgánu zde není dána možnost tzv. absolutní volné úvahy. Diskreční pravomoc správního orgánu je zákonem omezena jednou podmínkou. Správní orgán musí při posuzování každého případu individuálně zkoumat, zda žadatelův případ není právě oním případem hodným zvláštního zřetele.

Pojem případu hodného zvláštního zřetele je pojmem neurčitým, a proto jej nelze přesně právně definovat. Obsah a rozsah tohoto pojmu je dostatečně široký a není konečným, mění se v čase, v souvislosti s okolnostmi posuzovaného případu. V jeho poznání napomáhá ustálená praxe rozhodování Ministerstva vnitra a pak judikatura, zvláště pak ta z Nejvyššího správního soudu. Správní orgán by měl při rozhodování o udělení či neudělení humanitárního azylu postupovat v souladu se zásadami správního řízení (např. zásada účelnosti rozhodnutí, rovnosti a souladu rozhodnutí s veřejným zájmem, zásada rozhodnutí na základě dostatečně zjištěného skutkového stavu apod.). Soudní orgány by se při přezkumu rozhodnutí měly řídit především zásadou na spravedlivý proces a zásadou svobodného a rovného přístupu k soudům. Dále např. v Doporučení (80) Výboru ministrů Rady Evropy, které se dá vztáhnout i na rozhodování o humanitárním azylu, je stanoveno, že správní orgán musí rozhodnout podle jeho názoru tím nejvhodnějším způsobem, musí zachovat objektivitu a nestrannost a dbát na vyváženost mezi účelem rozhodnutí a nepříznivostí zásahu do práv, svobod a zájmů dotčených osob, které může rozhodnutí vyvolat.

Nezákonnost rozhodnutí podle § 78 odst. 1 soudního řádu správního (s.ř.s). spočívá, ne v neudělení humanitárního azylu, ale v postupu při tvorbě takového rozhodnutí, tedy v překročení mezí nebo zneužití správního uvážení. Úkolem správního soudu není nahradit správní orgán v jeho odborné kompetenci (posouzení existence důvodů pro udělení humanitárního azylu) a ani nahradit správní uvážení uvážením soudním. Jak již bylo výše řečeno, diskreční pravomoc a správní uvážení spočívají v možnosti výběru konečného rozhodnutí a ne v právu volby, zda vůbec bude rozhodnuto. Toto je velký a častý problém rozhodnutí o neudělení mezinárodní ochrany, jelikož prvotním zájmem každého žadatele je získání mezinárodní ochrany podle § 12 zákona o azylu (tedy „plnohodnotného“ azylu) a pokud je udělena, není již třeba zkoumat, zda existují i důvody pro získání jiné formy mezinárodní ochrany, tedy azylu za účelem sloučení rodiny, humanitárního azylu nebo časově omezené doplňkové ochrany. O humanitární azyl nelze žádat samostatně, bez požádání o mezinárodní ochranu podle § 12 zákona o azylu.

V rozhodnutích, ve kterých není udělena mezinárodní ochrana podle § 12 někdy chybí jakákoliv zmínka o důvodech neudělení humanitárního azylu a pokud zde tyto důvody jsou, tak se jimi správní orgán zabývá jen velmi stručně a okrajově. Např. pouze konstatuje, že na základě zjištěných skutečností správní orgán neshledává důvody pro udělení humanitárního azylu podle § 14 azylového zákona. Tento stav je častým důvodem (žalobním bodem) žalob podaný k soudu a následných kasačních stížností.

Udělení humanitárního azylu dle § 14 zákona o azylu v případě shledání zvláštního zřetele hodného důvodu není ,,precedentem“, jímž by byl správní orgán vázán při rozhodování dalších podobných případů žadatelů ze stejné země původu. Vždy musí být naplněna podmínka výjimečnosti a výlučnosti situace konkrétní osoby. Správní soud může v rámci institutu humanitárního azylu správní rozhodnutí zrušit pro jeho nezákonnost podle § 78/1 s.ř.s. a nebo pro jeho nepřezkoumatelnost spočívající v nesrozumitelnosti nebo nedostatku důvodů rozhodnutí.

Rozhodovací praxe krajských správních soudů a judikatura Nejvyššího správního soudu, tedy soudu nejvyššího stupně, je ve věci humanitárního azylu poměrně rozsáhlá a ustálená, ne však komplexní a zabývá se spíše případy ad hoc. Jak žaloby u krajských soudů, tak i kasační stížnosti podávané k Nejvyššímu správnímu soudu, bývají ve většině případů zamítnuty. S několika rozhodnutími se setkáváme i v rámci činnosti Ústavního soudu. V nálezu IV. ÚS 532/02 Ústavní soud vylučuje svou působnost při přezkumu správního uvážení ohledně posouzení případu hodného zvláštního zřetele. Zde Ústavní soud dále vyjádřil názor respektovaný a užívaný i správními soudy, a to, že na udělení azylu z humanitárního důvodu není právní nárok.

Neúspěšní žadatelé o mezinárodní ochranu nejčastěji brojí proti nedostatečnému odůvodnění části rozhodnutí, proč nebyl humanitární azyl udělen. V tomto případě mají žalobci většinou pravdu, jelikož rozhodnutí Ministerstva vnitra ohledně důvodů pro neudělení humanitárního azylu jsou omezeny na několik krátkých vět. Krajské správní soudy však k tomuto problému přistupují vesměs obdobně, nejspíše proto, že příběhy žadatelů nejsou často věrohodné a není zde důvod pro udělení jakékoliv formy ochrany. Jinak by tato rozhodnutí ve výroku neudělení humanitárního azylu musela být zrušena pro nepřezkoumatelnost. I když v tomto postupu lze shledat určitou ne(s)právnost, protože soud by si neměl o případu utvářet vlastní představu a měl by pouze přezkoumávat, zda byl případ správním orgánem rozhodnut v souladu s právním řádem a na základě dostatečně zjištěného skutkového stavu, je tento postup z lidského hlediska ospravedlnitelný, jelikož drtivá většina žalobců nepatří mezi žadatele bona fide (ti získají ochranu většinou již během správního řízení bez nutnosti podání správní žaloby) a žalobou se snaží pouze prodloužit délku pobytu na území ČR. Krajské soudy v této situaci často odkazují na ustálenou judikaturu Nejvyššího správního soudu (např. na rozsudek NSS ze dne 24.11. 2005   6 Azs 304/2004, rozsudek ze dne 7.12. 2005, č.j. 5 Azs 196/2005 a nebo na rozsudek ze dne 30.11. 2005, č.j. 1 Azs 185/2004), podle které je rozhodnutí správního orgánu o udělení či neudělení humanitárního azylu výsledkem správního uvážení a je tedy pouze na správním orgánu zvážit, zda se ve světle konkrétních událostí jedná o „případ hodného zvláštního zřetele“. Není na něj právní nárok, je tedy pouze na správním orgánu, jak daný případ posoudí.

Soudy nejsou oprávněny do diskreční pravomoci správního orgánu zasahovat. Úkolem soudu je pouze přezkoumat rozhodnutí z hlediska dodržení procesních předpisů, tzn., zda uvážení správního orgánu je v souladu se správním řádem, nevybočilo z jeho mezí a zda se k výsledku došlo správným procesním postupem a zda rozhodnutí logicky plyne z provedených důkazů. Soud zde pak následně konstatuje, že postup správního orgánu byl řádný a tudíž nebyl § 14 porušen, jelikož správní orgán zvažoval, zda v konkrétním případě existovaly důvody pro udělení humanitárního azylu, avšak žádné důvody hodné zvláštního zřetele zde neshledal. V odůvodnění žalovaného neshledá soud žádná pochybení, jelikož žalovaný (tedy Ministerstvo vnitra) své rozhodnutí, byť jen stručně, odůvodnil, a proto je přezkoumatelné. Z výše uvedeného vyplývá, že činnost soudů, jakožto přezkumných orgánů se nejčastěji vztahuje na konstatování, jaké okolnosti odchodu ze země původu nelze podřadit pod pojem důvodu hodného zvláštního zřetele a dále, že přezkum neudělení humanitárního azylu je omezen jen na procesní stránku, tedy na dodržení postupu podle procesněprávních předpisů. Soudní judikatura zaujímá v oblasti azylového práva významné postavení, protože působí silou přesvědčivosti a je způsobilá posloužit aplikační praxi, zvláště při výkladu neurčitého pojmu ,,důvod hodný zvláštního zřetele“ a zároveň zvyšovat právní jistotu žadatelů (především těch bona fide).

V případě, že by rozhodnutí vydal jiný orgán než Ministerstvo vnitra, bylo by toto rozhodnutí nicotné, tzn., pohlíželo by se na něj, jakoby nikdy ani nebylo. Zruší-li soud napadené rozhodnutí, současně zahrne do výroku rozhodnutí, že se věc vrací žalovanému k dalšímu řízení. V odůvodnění zrušujícího rozhodnutí soud musí odůvodnit nesprávnost rozhodnutí správního orgánu a zároveň vysloví právní názor, kterým je správní orgán v dalším řízení vázán. Soud nejčastěji nařídí provedení dalšího dokazování (nejčastěji ve formě doplňujícího pohovoru) a nebo apeluje na lepší kvalitu a celistvost rozhodnutí.

Rozsudek musí být písemně vyhotoven a musí obsahovat označení soudu, jméno samosoudce, který ve věci rozhodl, označení účastníků, jejich zástupců, projednávané věci, výrok, odůvodnění, poučení o opravném prostředku a den a místo vyhlášení. Rozsudek musí být podepsán samosoudcem. České soudy bývají kritizovány pro délku řízení. Praxe je většinou taková, že rychleji bývají projednávány případy, ve kterých je nařízeno ústní jednání. Soud je pak povinen vyhotovit rozsudek nejpozději do jednoho měsíce od vyhlášení a učiní potřebná opatření k doručení stejnopisu rozsudku účastníkům do vlastních rukou. Tuto lhůtu může předseda soudu ze závažných důvodů prodloužit, nejvýše však o dva měsíce. Rozsudek, který byl doručen oběma účastníkům, je v právní moci a tímto okamžikem ztrácí cizinec postavení žadatele azyl. Cizinec po neúspěchu na krajském soudě má dvě možnosti, a to uznat oprávněnost neudělení mezinárodní ochrany a vycestovat z ČR a nebo v řízení dále pokračovat a podat kasační stížnost k NSS.