Stanovit paušální daň (vysvětlení pojmu viz. článek Daň stanovená paušální částkou, www.epravo.cz) je možné pouze na základě žádosti poplatníka. Zákon o daních z příjmů, který se paušální daní zabývá ve svém ustanovení § 7a, tedy neumožňuje, aby byla paušální daň poplatníkovi vnucena. Výše paušální daně se stanovuje jednak v závislosti na předpokládaných příjmech, jež jsou předmětem daně, a to kromě příjmů od daně osvobozených a příjmů, z nichž se daň vybírá zvláštní sazbou daně a samozřejmě také v závislosti na výši předpokládaných výdajů. (Jak předpokládané příjmy tak i předpokládané výdaje je poplatník povinen uvést v žádosti o stanovení paušální daně).

                Do předpokládaných příjmů se zahrnují i příjmy z prodeje majetku, který byl vložen do obchodního majetku  a příjmy ze zrušení rezervy vytvořené podle zákona o rezervách. Do předpokládaných výdajů se zahrnuje i zůstatková cena prodaného majetku, který lze podle zákona o daních z příjmů odepisovat a výše rezervy vytvořené pro příslušné zdaňovací období podle zákona o rezervách.

Rozdíl mezi předpokládanými příjmy a předpokládanými výdaji se poté upraví o výdaje vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů, u kterých odpadl právní důvod pro jejich uplatnění a dále také o nezdanitelné části základu daně. Zákon také stanoví minimální částku paušální daně, kdy daň stanovená paušální částkou musí činit nejméně 600 Kč za zdaňovací období.

Správce daně stanovuje paušální daň a její výši po dohodě s poplatníkem. O stanovení daně paušální částkou sepíše správce daně protokol o ústním jednání. Součástí tohoto protokolu je i rozhodnutí vyhlášené při jednání, které musí obsahovat zejména předpokládanou výši příjmu, předpokládanou výši výdajů, rozdíl mezi předpokládanými příjmy a předpokládanými výdaji, výši uplatněných nezdanitelných částí základů daně, výši daně a zdaňovací období, kterého se týká. Pokud poplatník s takto stanovenou daní souhlasí, pak se není možno proti vyhlášenému rozhodnutí odvolat. Takto stanovenou daň se již nevyměřuje platebním výměrem. Poplatníkovi je uložena povinnost vést jednoduchou evidenci o výši dosahovaných příjmů, výši pohledávek a o hmotném majetku používaném pro výkon činnosti. Jestliže poplatník s daní nesouhlasí, pak nebude daň paušální částkou stanovena. Ze znění zákona tedy jasně vyplývá v této situaci nadřazené postavení finančního úřadu.