Uvedená povinnost se však až na výjimky týká pouze těch věcí, které nespadají do obchodního vedení společnosti. O obchodním vedení totiž rozhodují jednatelé sami a bez ingerence jiných orgánů společnosti. Nelze však vyloučit, že ojediněle i rozhodnutí valné hromady může mít dopad ve vztahu k obchodnímu vedení společnosti prostřednictvím jejího jednatele (jednatelů).

Jak zásady, tak pokyny přijímá valná hromada společnosti s ručením omezeným na svých zasedáních formou usnesení.

Hned z úvodu je třeba podotknout, že jednatelé jsou vázáni výlučně jen pokyny a  zásadami přijatými valnou hromadou společnosti. Jednatelé tak nemají povinnost řídit se pokyny ani zásadami, které jim udělí (resp. stanoví) jiný orgán společnosti než valná hromada (např. dozorčí rada, je-li zřízena). Stejné pravidlo platí v případě, má–li společnost více než jednoho společníka; samotný společník není valnou hromadou společnosti a jednatelé tak nejsou vázáni pokyny udělenými z jeho strany.

Vázanost jednatelů pokyny a zásadami přijatými valnou hromadou společnosti s ručením omezeným ale není absolutní.

Vztah mezi jednatelem a společností samotnou se řídí přiměřeně ustanoveními obchodního zákoníku o mandátní smlouvě, není-li mezi nimi uzavřena smlouva o výkonu funkce obsahující odlišnou úpravu. Mandátní smlouva dává mandatáři ve výjimečných případech možnost odchýlit se od pokynů mandanta. 

Není-li proto mezi společností a jednatelem uzavřena smlouva o výkonu funkce, popř. nestanoví-li smlouva o výkonu funkce jinak, může se  výjimečně jednatel odchýlit od zásad a pokynů přijatých valnou hromadou. To lze nicméně připustit pouze v případě, je-li to naléhavě nezbytné v zájmu společnosti a jednatel nemůže včas obdržet od společnosti souhlas. Jednatel se však nesmí od pokynů či zásad přijatých valnou hromadou společnosti odchýlit tehdy, pokud by tak výslovně určilo usnesení valné hromady.

Jednatelé jsou vázáni zásadami a pokyny přijatými valnou hromadou společnosti navíc jen za předpokladu, že jsou v souladu s právními předpisy, společenskou smlouvou a stanovami společnosti.

Zjistí-li jednatel případný rozpor, je povinen to jako osoba vykonávající svoji funkci s péčí řádného hospodáře bezodkladně společnosti oznámit. Je pouze logické, že zákon mu neukládá povinnost se takovými pokyny a zásadami řídit.

Pokud by jednatel usnesení, které je v rozporu s právními předpisy, i přesto uposlechl, bude odpovídat společnosti za škodu, kterou jeho plněním společnosti způsobil. Není vyloučena ani případná trestněprávní odpovědnost jednatele. Je-li škoda způsobena více jednateli, budou za ni odpovídat společně a nerozdílně. Nelze opomenout ani ručení jednatelů za závazky společnosti jejím věřitelům dle § 194 odst. 6 obchodního zákoníku.

Je-li usnesení „pouze“ v rozporu se společenskou smlouvou či stanovami společnosti, nebude jednatel odpovídat společnosti za škodu, která jeho realizací společnosti vznikla.

V případě, že jednatel nerespektuje zásady nebo pokyny schválené valnou hromadou, nemá to vliv na účinky takového jednání vůči třetím osobám. Nerespektování přijatých zásad a pokynů, které jsou v souladu s právními předpisy, společenskou smlouvou a stanovami společnosti, je nicméně jednáním protiprávním a vznikne-li z toho společnosti škoda, budou za ni provinivší se jednatelé solidárně odpovídat (jejich odpovědnost je kombinována s ručením za peněžité závazky společnosti vůči věřitelů dle § 194 odst. 6 obchodního zákoníku).