Tato směrnice staví na dvou hlavních zásadách – prevence a znečišťovatel platí. Prevencí se rozumí především povinnost znečišťovatele informovat příslušný správní orgán o hrozící nebo již vzniklé škodě a následná povinnost provést preventivní nebo nápravná opatření. Takováto povinnost může být znečišťovateli uložena správním orgánem, případně může tento orgán na náklady znečišťovatele provést uložená preventivní opatření sám. Ze zásady znečišťovatel platí, vyplývá další princip, a to že provozovatel, jehož činnost způsobila škodu na životním prostředí nebo bezprostřední hrozbu takové škody, je finančně odpovědný. EU však sází především na to, že tento právní předpis přiměje provozovatele např. chemických továren nebo skládek odpadu k tomu, aby byla jejich zařízení již od počátku tak bezpečná, že ke škodám na životním prostředí vůbec nedojde a nebude tak třeba vynakládat žádné náklady na jejich odstranění.   

Směrnice 2004/35/ES se vztahuje pouze na odpovědnost za škodu vzniklou na chráněných druzích rostlin a živočichů a přírodních stanovištích, tak jak jsou definovány ve směrnici 92/43/ES, o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin a směrnici 79/409/ES o ochraně volně žijících ptáků. Dále na škody na vodě, jež musí být takové intenzity, aby měly závažný nepříznivý účinek na ekologický, chemický nebo kvantitativní stav nebo ekologický potenciál, a konečně na škody na půdě, jimiž se rozumí jakákoliv kontaminace půdy, která představuje výrazné riziko pro lidské zdraví.

Je zřejmé, že vymezení předmětu odpovědnosti ve Směrnici 2004/35/ES je užší, než pojetí ekologické újmy, tak jak je definováno v zákoně o životním prostředí. Na druhou stranu je toto konkrétnější zaměření výhodou pro aplikaci v praxi. S největší pravděpodobností však toto úzké pojetí předmětu odpovědnosti nevydrží dlouho, alespoň co se týče škod na půdě. Dne 20. února 2007 došlo na jednání Rady EU v Bruselu k předložení návrhu směrnice Evropského Parlamentu a Rady o zřízení rámce pro ochranu půdy a o změně směrnice 2004/35/ES. Účelem navrhovaných změn je především zajistit prevenci poškozování půd, identifikaci rizikových oblastí z hlediska ochrany půdy, přijetí programů opatření pro tyto rizikové oblasti, přijetí národní strategie nápravných opatření a využívání starých průmyslových ploch a zlepšení informovanosti v této oblasti.

Směrnic upravujících podmínky ochrany životního prostředí existují spousty a všechny vyžadují implementaci do právních systémů členských států. Jak již bylo uvedeno výše, Směrnice 2004/35/ES má být do českého právního řádu, a nejen do něj, transponována do 30. dubna 2007. Nedojde-li k transpozici směrnice včas, zahájí Evropská komise tzv. řízení o porušení Smlouvy, jehož cílem je dosáhnout toho, aby členský stát dostál svým povinnostem vyplývajících mu z přistoupení ke Smlouvě o založení Evropského společenství.

České republice zbývá už jen pár dní ke splnění povinnosti implementace Směrnice 2004/35/ES do českého právního řádu. Není ale jediným členským státem, pro něhož je převedení této směrnice do národní legislativy značně náročné. Zůstane tak na orgánech EU, zda „přimhouří oko“ a sankce, které členské státy s největší pravděpodobností čekají, nebudou příliš vysoké. Na druhou stranu je faktem, že životní prostředí je oblastí s vysokým počtem případů porušení povinností členských států; toto odvětví stále vykazuje nejvyšší počet neuzavřených řízení v rámci Komise. Zdá se, že členské státy dávají stále ještě přednost ekonomickému prospěchu před ochranou životního prostředí. Uvidíme tak, jak se naši zákonodárci „poperou“ s ustanoveními Směrnice 2004/35/ES a zda se konečně dočkáme fungujícího systému odpovědnosti za škody. A hlavně, za jak dlouho to bude, a kolik to Českou republiku bude nakonec stát...