Zpeněžování konkursní podstaty je proto komplexním procesem. Při zpeněžování má správce postupovat tak, aby co možná nejvíce zachoval podnikatelskou činnost úpadce, jakož i pracovních příležitostí. Zároveň musí dbát toho, aby bylo co nejvíce chráněno životní prostředí.

O zpeněžování majetku konkursní podstaty je správce povinen podávat zprávy soudu a věřitelskému výboru. Jakmile je veškerý majetek konkursní podstaty (vyjma majetku, který byl z podstaty pro svoji „neprodejnost“ vyloučen - viz níže) zpeněžen, předloží správce soudu konečnou zprávu spolu s vyúčtováním své odměny a výdajů. Konečnou zprávu je soud povinen přezkoumat. Za účelem odstranění shledaných chyb anebo nejasností v těchto podkladech si je soud oprávněn předvolat správce a jejich obsah s ním projednat. Následně uvědomí soud o konečné zprávě a vyúčtování úpadce a konkursní věřitele. Ti proti nim mohou do 15 dnů ode dne, kdy byly konečná zpráva a vyúčtování vyvěšeny na úřední desce soudu, podat námitky. Na právo podat námitky musí soud úpadce i konkursní věřitele poučit. Konečnou zprávu a vyúčtování projedná soud při jednání, ke kterému obešle správce, úpadce a konkursní věřitele, kteří podali námitky, jakož i věřitelský výbor, a rozhodne o ní usnesením. To jim doručí a vyvěsí na úřední desce soudu.
 
Konkursní podstata může být v praxi zpeněžena následujícím způsobem – dobrovolnou veřejnou dražbou věcí a jiných penězi ocenitelných majetkových hodnot provedenou na návrh správce v postavení oprávněného dle zákona o veřejných dražbách (zákon č. 26/2000 Sb. ), prodejem mimo dražbu a soudní dražbou. Vedle toho stojí jako zvláštní způsob zpeněžení konkursní podstaty, konkrétně pak věcí, práv a jiných majetkových hodnot sloužících provozování podniku úpadce, jednou smlouvou. Na tuto smlouvu se přiměřeně aplikují ustanovení obchodního zákoníku o prodeji podniku.    

Nejčastěji používaným způsobem zpeněžení konkursní podstaty je její prodej mimo dražbu, tedy tzv. přímý prodej. Dle § 27 odst. 2 zákona o konkursu a vyrovnání (zák. č. 328/1991 Sb. ) uskuteční správce prodej mimo dražbu se souhlasem soudu. Při svém rozhodování soud přihlédne zejména k vyjádření věřitelského výboru (zástupce věřitelů), k době předpokládaného zpeněžení, ale i k nákladům, které bude třeba vynaložit na další udržování a správu podstaty. Soud může udělit souhlas správci s přímým prodejem majetku tvořícího konkursní podstatu i přes negativní stanovisko věřitelského výboru (zástupce věřitelů). Udělí-li soud správci se zpeněžením podstaty jejím prodejem mimo dražbu souhlas, zpravidla též stanoví podmínky pro její samotný prodej (např. jaká minimální cena musí být dodržena, jakým způsobem má být prodej majetku potencionálním kupcům oznámen apod.). Přímým prodejem lze věci prodat i pod jejich odhadní cenu obsaženou v soupisu konkursní podstaty.
Souhlas soudu dle předchozího odstavce nepotřebuje správce pouze za předpokladu, že by šlo o prodej věcí bezprostředně ohrožených zkázou nebo znehodnocením. V praxi se bude jednat např. o zpeněžení potravinářského zboží.

Stejným způsobem, tedy úplatným převodem na jinou osobu, lze „prodat“ i úpadcovi sporné nebo obtížně vymahatelné pohledávky. Nedobytné pohledávky a věci, práva nebo jiné majetkové hodnoty, které nebylo možno prodat, může správce po schválení soudem vyloučit z podstaty. Na rozdíl od přímého prodeje však s vyloučením tohoto majetku z podstaty musí předem projevit souhlas věřitelský výbor.

Při zpeněžování konkursní podstaty není správce vázán ani smluvními předkupními právy. Uvedené pravidlo se tak nevztahuje na předkupní práva zákonná, jako je např. předkupní právo zbylých spoluvlastníků k převáděnému spoluvlastnickému podílu dle ustanovení § 140 občanského zákoníku. Další výjimky z tohoto pravidla stanoví ustanovení § 27 odst. 7 zákona o konkursu a vyrovnání.

S ohledem na skutečnost, že konkursní podstatu tvoří i pohledávky úpadce za jeho dlužníky nebo osobami pohledávky zajišťujícími, ukládá ustanovení § 27 odst. 4 zákona o konkursu a vyrovnání správci povinnost takové pohledávky uplatnit a případně i vymáhat soudní cestou ve prospěch podstaty.  Půjde zpravidla o pohledávky peněžité, i když zákon nevylučuje aplikovat tento postup ani v případě pohledávek nepeněžitých, které je možné ocenit penězi. Před tím, než správce k tomuto kroku přistoupí, měl by náležitě zvážit předpokládanou úspěšnost vymáhání pohledávky a solventnost dlužníka. Za situace, kdy nebude možné z důvodu nedostatku volných finančních prostředků v podstatě hradit náklady na uplatnění a vymáhání těchto pohledávek, zbavuje zákon správce této povinnosti. Na druhou stranu lze nedostatek finačních prostředků k vymáhání pohledávky překlenout např. poskytnutím přiměřené zálohy ze strany věřitelů.

Dle ustanovení § 27 odst. 4 zákona o konkursu a vyrovnání vyzve správce osoby, jejichž věci, práva nebo pohledávky zajišťují pohledávky vůči úpadci (vyjma ručitelů, a to i směnečných; nejčastěji půjde o pohledávky zajištěné zástavním či zadržovacím právem), aby do 30 dnů vyplatily do podstaty hodnotu zajištěných pohledávek, případně aby ve stejné lhůtě složily cenu věci, práva nebo pohledávky, jimiž je pohledávka zajištěna. Hodnotu zajištěné pohledávky by měl správce ve výzvě adresované těmto osobám vyčíslit ke dni jejímu přihlášení do konkursu.

Nevyplatí-li uvedené osoby zajištěnou pohledávku nebo nesloží-li cenu věci, práva nebo pohledávky, jimiž je pohledávka zajištěna, zapíše správce danou věc, právo nebo pohledávku do soupisu podstaty. Jak totiž plyne kupř. z ustanovení § 6 odst. 3 zákona o konkursu a vyrovnání, do podstaty může náležet i majetek jiných osob než jen úpadce. Od okamžiku soupisu věci, práva nebo pohledávky, jimiž je pohledávka vůči úpadci zajištěna, do konkursní podstaty s ní však nadále může nakládat výlučně správce nebo osoba, jíž k tomu dal souhlas. Takto sepsaný majetek je správce oprávněn zpeněžit ve veřejné dražbě.

Jak již bylo řečeno úvodem, správce může zpeněžit věci, práva a jiné majetkové hodnoty, které slouží provozování podniku, jednou smlouvou. Na tuto smlouvu se přiměřeně užijí ustanovení obchodního zákoníku o prodeji podniku. I zde však správce potřebuje získat souhlas soudu; soud při svém rozhodování přihlédne ke stanovisku věřitelů, které však není pro něj závazné. Z úpadce na nabyvatele (kupce) podniku přecházejí práva a povinnosti z pracovněprávních vztahů s výjimkou nároků vzniklých do účinnosti této smlouvy. Na kupce podniku tedy na rozdíl od „klasické“ smlouvy o prodeji podniku logicky nepřechází jiné závazky úpadce; ty jsou i  nadále vypořádávány v rámci konkursu. Výtěžek z prodeje je součástí celkového výtěžku zpeněžení konkursní podstaty a nemůže sloužit pouze ke krytí závazků souvisejících s prodávaným podnikem.