Průběh ukončení existence společnosti s ručením omezeným je proto vždy dvoufázový – v první fázi dochází ke zrušení společnosti s ručením omezeným, v druhé fázi k jejímu zániku výmazem z obchodního rejstříku. Výmaz společnosti z obchodního rejstříku má konstitutivní účinky, což znamená, že dokud není proveden, společnost jako subjekt práv a povinností nadále trvá, třebaže již nevyvíjí žádnou aktivitu. Společnost tak z právního hlediska existuje i po dobu rejstříkového řízení vedeném o jejím výmazu z obchodního rejstříku.

Obchodní zákoník rozeznává dvojí zrušení obchodní společnosti – zrušení bez právního nástupce, tedy s likvidací společnosti, a zrušení s právním nástupcem, tedy v důsledku přeměny společnosti.

Následující článek si neklade za cíl podat vyčerpávající výklad ke všem způsobům zániku společnosti s ručením omezeným, které obchodní zákoník upravuje. Jeho účelem je spíše v krátkosti pojednat o každém z nich.

Obchodní zákoník v ustanovení § 68 podává výčet obecných způsobů zrušení obchodní společnosti. Vedle této úpravy pak existuje právní úprava zvláštní, kterou lze nalézt u každé obchodní společnosti. U společnosti s ručením omezeným je tímto speciálním ustanovením § 151 obchodního zákoníku. Společnost s ručením omezeným se tak kromě případů uvedených v ustanovení § 68 obchodního zákoníku zrušuje i rozhodnutím soudu na návrh společníků (viz níže) a dále i z jiných důvodů uvedených ve společenské smlouvě.

Prvním z obecných způsobů zrušení společnosti s ručením omezeným je uplynutí doby, na kterou byla založena. Doba trvání společnosti s ručením omezeným je obsažena ve společenské smlouvě společnosti s ručením omezeným; jinak v souladu s § 62 odst. 2 obchodního zákoníku platí, že se společnost zakládá na dobu neurčitou. Společnost se automaticky zrušuje uplynutím stanovené doby jejího trvání. Dalším, v mnohém podobným způsobem zrušení společnosti s ručením omezeným, je zrušení dosažením účelu, pro který byla společnost založena. I zde je třeba, aby byl účel založení společnosti s ručením omezeným ve společenské smlouvě přesně specifikován. Společnost se v takovém případě zrušuje  dnem, kdy byl její účel naplněn. Právní teorie není zajedno v názoru, zda je možné po uplynutí doby trvání společnosti, resp. po naplnění účelu společnosti, změnit společenskou smlouvu tak, že dojde k prodloužení doby trvání společnosti, popř. k její změně na dobu neurčitou. Na podporu  tohoto argumentu je uváděno, že dle § 68 odst. 8 obchodního zákoníku mohou společníci či valná hromada společnosti zrušit své rozhodnutí o zrušení společnosti a jejím vstupu do likvidace, a to do doby, než bylo započato s rozdělováním likvidačního zůstatku. Z toho se dovozuje, že analogicky je možné dané ustanovení použít i v případech zrušení společnosti uplynutím doby, na kterou byla založena, resp. naplněním jejího účelu. Důsledkem zrušení společnosti s ručením omezeným oběma způsoby je nutnost provedení její likvidace.

Společnost s ručením omezeným se dále zrušuje i rozhodnutím společníků nebo valné hromady společnosti; která z možností se uplatní záleží na obsahu společenské smlouvy. Důsledkem tohoto rozhodnutí je vstup společnosti do likvidace. Svěřuje-li společenská smlouva rozhodnutí o zrušení společnosti a jejím vstupu likvidace do působnosti valné hromady, není možné, aby společníci tímto způsobem platně o zrušení společnosti rozhodli. Na druhou stranu může společenská smlouva umožňovat společníkům to, aby se z důvodů a za podmínek v ní stanovených mohli domáhat zrušení společnosti soudní cestou. Pokud společenská smlouva nesvěřuje dané rozhodnutí do působnosti valné hromady, musí být rozhodnutí společníků v souladu s § 152 odst. 1 obchodního zákoníku učiněno formou notářského zápisu. Je přitom nutné, aby šlo o dohodu všech společníků. K rozhodnutí valné hromady o zrušení společnosti s likvidací je naproti tomu vždy zapotřebí souhlasu alespoň dvoutřetinové většiny všech hlasů společníků. Společenská smlouva však může vyžadovat i vyšší počet hlasů. I o rozhodnutí valné hromady musí být pořízen notářský zápis. Bez ohledu na to, zda rozhodnutí o zrušení společnosti přijme valná hromada společnosti či její společníci, zrušuje se společnost ke dni uvedeném v tomto rozhodnutí, jinak dnem, kdy bylo rozhodnutí přijato. Jak již bylo uvedeno v předchozím odstavci, může být takové rozhodnutí nejpozději do okamžiku, než je započato s rozdělováním likvidačního zůstatku, zrušeno. V takovém případě je ale společnost povinna sestavit ke dni účinnosti tohoto rozhodnutí mezitimní účetní závěrku. Společnost se dále zrušuje rozhodnutím společníků nebo valné hromady i tehdy, pokud dochází k zániku společnosti v důsledku fůze, převodu jmění na společníka nebo v důsledku rozdělení.

Dalším způsobem zrušení společnosti s ručením omezeným je její zrušení soudním rozhodnutím. V případě společnosti s ručením omezeným může soud rozhodnout o jejím zrušení např. v případech dle § 113 odst. 6 obchodního zákoníku, § 119 obchodního zákoníku nebo při obdobném užití § 194 odst. 2 obchodního zákoníku. Další důvody, pro které je umožněno soudu společnost zrušit, stanoví kupř. ustanovení § 68 odst. 6 obchodního zákoníku. Před tím, než může soud o zrušení společnosti rozhodnout, je povinen společnosti stanovit  lhůtu k odstranění důvodu, pro který bylo zrušení navrženo (je-li odstranění možné). Důvod pro zrušení společnosti musí být přitom dán i v době, kdy soud o zrušení společnosti po marném uplynutí této lhůty rozhoduje. Společnost se zrušuje v den uvedený v soudním rozhodnutí o jejím zrušení, jinak dnem právní moci daného rozhodnutí. Následkem zrušení společnosti s ručením omezeným tímto způsobem je její vstup do likvidace.

Mezi časté důvody zrušení společnosti lze beze sporu řadit i ty, které souvisí s konkursním řízením. Společnost s ručením omezeným se tak zrušuje v případě, kdy je zrušen konkurs po splnění rozvrhového usnesení, dále tehdy, je-li zrušen konkurs z důvodu nedostatku majetku společnosti k úhradě jeho nákladů a konečně v případě, kdy je zamítnut návrh na prohlášení konkursu pro nedostatek majetku. Společnost se však nepovažuje za zrušenou v případě, je-li zamítnut návrh na prohlášení konkursu z jiného důvodu než pro nedostatek majetku. Má-li společnost majetek, který nepostačuje k úhradě všech závazků, provede se její likvidace v souladu s ustanovením § 75 odst. 5 a 6 obchodního zákoníku; jinak se likvidace společnosti nevyžaduje. Společnost se zrušuje dnem, kdy nabude právní moci usnesení soudu o zrušení konkursu, resp. o zamítnutí návrhu na prohlášení konkursu na majetek společnosti pro nedostatek majetku.